امنيت سيستم عامل، مهم‌‏ترين مولفه در امنيت اطلاعات است، چرا كه سازندگان سيستم عامل به راحتي مي‌‏توانند به داده‌‏هاي كاربران دست پيدا كنند. فرامرز خالقي سرپرست مركز آموزش عالي انفورماتيك شركت داده‌پردازي ايران در گفت‌وگو با ايلنا در خصوص نفوذپذيري شبكه با بيان اين مطلب اظهار داشت: براي جلوگيري از ورود ويروس بايد از فايروال استفاده كنيم، اما براي عدم انتشار بايد سراغ فايل سيستم‌‏ها و مديريت‌‏هاي داخلي برويم كه در حال حاضر سيستم عامل لينوكس يكي از سيستم‌‏هاي مهم در بحث امنيت است. وي گفت: حفره‌‏هاي امنيتي سيستم عامل ويندوز باعث مي‌‏شود كه اكثر كاربرهاي آن به طور دائم با مشكلات هك , ويروس و اسپم روبرو شوند. خالقي با اشاره به شركت داده‌‏پردازي به عنوان مجري لينوكس فارسي يادآور شد: سازندگان سيستم عامل ويندوز به راحتي مي‌‏توانند با ايجاد حفره‌‏هايي به اطلاعات كاربران دست پيدا كنند و به اين دليل استفاده از سيستم عامل‌‏هايي مانند لينوكس توصيه مي‌‏شود. وي، افزود: يكي از معضلات امنيت شبكه ناشي از لايه‌‏هاي مختلف دسترسي سازندگان سوئيچ به اطلاعات است و همچنين سيستم‌‏ها بايد به نوعي مجهز شوند به فايروال‌‏ها كه اين نيز هزينه سنگيني را در بر دارند كه مراكز كمتر حاضرند اين هزينه را پرداخت كنند. خالقي با بيان اين كه در بحث اينترنت حتماً بايد از فايروال‌‏هاي قوي براي امنيت شبكه استفاده كرد گفت: سيستم عامل ويندوز از نظر امنيتي اعتبار لازم را ندارد، چرا كه مايكروسافت هم متوجه شده كه اگر بخواهد امن‌‏تر برخورد كند بايد از سيستم عامل لينوكس به عنوان بحث امنيتي استفاده كند. سرپرست دانشكده داده‌‏پردازي تصريح كرد: استفاده از سيستم عامل لينوكس براي كارمندان دولت تا سال 86 اجباري مي‌‏شود. وي افزود: از نگاه اول كار با لينوكس دشوار به نظر مي‌‏آيد ؛ اما كشورهايي مانند آلمان و برزيل نيز گام‌‏هايي به سمت لينوكس برداشته‌‏اند كه اين مسئله نشان‌‏دهنده فراگير شدن لينوكس است.