حوزه انفورماتيک پزشکی از جمله حوزه‌هايي است که توليد نرم‌افزار در اين حوزه با پيچيدگی فرايندها و هزينه سنگين توليد مواجه است. بر اين اساس پيش از اين برخی از مراکز درمانی نسبت به تهيه نسخه‌های غيرمجاز از نرم‌افزارهای توليد شده اقدام و شرکت‌ها با مشکلات نقض کپی‌رايت مواجه هستند. هم‌اکنون نيز پرونده‌های مختلفین در اين خصوص در مراجع قضايي مطرح می‌باشد. با شکايت اين شرکت از 6 مرکز درمانی در استان تهران، بر اساس دستور مراجع قضايي، کارشناسان دادگستری نسبت به بررسی نرم‌افزارهای نصب شده در اين مراکز درمانی اقدام خواهند نمود. برخورد با نقض حقوق پديدآورندگان نرم‌افزارهای رايانه‌ای موضوعی است که در طی يکی دو سال اخير به شدت از سوی مراجع قضايي مورد توجه قرار گرفته است و کارشناسان اميدوارند طرح اين پرونده و صدور حکم بررسی کارشناسی موضوع بتواند نسبت به آگاه‌سازی عمومی و افزايش ميزان شناخت مديران حوزه درمان کشور در ارتباط با حقوق قانونی توليدکنندگان نرم‌افزار و اهتمام بيشتر نسبت به رعايت اين حقوق موثر واقع شود. بر اساس ماده 17 آيين‌نامه اجرايي قانون حمايت از حقوق پديدآورندگان نرم‌افزارهای رايانه‌ای اشخاصی که با علم و اطلاع از قانون نسبت به نقض حقوق پديدآورندگان نرم افزارهای رايانه‌ای اقدام نمايند علاوه بر جبران خسارت به حبس از نود و يک روز تا شش ماه و جزای نقدی ده ميليون تا پنجاه ميليون ريال محکوم خواهند گرديد.