میکروبیوم روده به مجموعه‌ای از میکروارگانیسم‌ها اشاره دارد که به طور طبیعی در روده انسان زندگی می‌کنند. این میکروارگانیسم‌ها در هضم غذا، تقویت سیستم ایمنی و بسیاری از فرایندهای متابولیک نقش مهمی دارند.